Desa Gontor didirikan + akhir abad XVII oleh seorang Pangeran berasal dari Kesultanan Cirebon bernama Raden Kanjeng Pangeran Hadikusumo Sulaiman Jamal bersama seorang pengawal bernama Tayib. Beliau adalah cucu Sultan Kesepuhan Cirebon yang diambil menantu/dikawinkan dengan cucu Kyai Ageng Tegalsari Kecamatan Jetis Kabupaten Ponorogo. Pada tahun 1835, sewaktu Pangeran Diponegoro terjebak oleh Belanda banyak pengikutnya yang lari kearah timur. Beberapa orang diantaranya menetap di Desa Gontor, maka dari itu banyak penduduk Desa Gontor yang menyatakan nenek moyangnya berasal dari Mataram.

        Konon dibantaran sungai datanglah banjir besar yang mana air mengalir sangat deras ( dalam bahasa jawa disebut ontoran ) melintasi kawasan suatu tempat oleh karenanya barang kali ada rejanya zaman tempat ini oleh beliau diberi nama GONTOR yang artinya ( NGGON ONTORAN BANYU ) tempat mengalirnya air dengan deras. KRM Sulaiman Jamal yang masih satu garis keturunan dengan pendiri Pondok Modern Darussalam Gontor, kemudian meneruskan niatnya menyebarkan ajaran agama Islam hingga berdirilah Pondok Modern Darussalam Gontor sampai sekarang. Namun karena konon kabarnya, baik untuk kita lanjutkan apa adanya, tidak berlama-lama datanglah penghuni baru atau penduduk baru dari Kasepuhan Surokarto Hadiningrat Solo Jawa Tengah, sekarang nama Gontor berubah menjadi ( nggon montor ) Bahasa Jawa / tempat sepeda motor, mobil dan sebagainya sebagai salah satu penopang kehidupan masyarakat didalamnya.